gotgenes

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: UTF-8 -*-

# Copyright (c) 2011-2012 Christopher D. Lasher
#
# Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
# a copy of this software and associated documentation files (the
# "Software"), to deal in the Software without restriction, including
# without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
# distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to

kazuho

fizz = function f() {
 fizz = function () {
  fizz = function () {
   fizz = f
   return "Fizz"
  }
 }
}

buzz = function f() {

soh-i

• Replication speed => 100 nucleotide/sec
• DNA size => 3*10^9
• 3*10^9/(60sec*60min*24h*100) ≒ 350/replication origin

soh-i

#!/usr/bin/env python

import random

try:
    from benchmarking_test import BenchmarkTest
except:
    raise ImportError

yuugit

def adj_iter(network, x):
    u"""network のノード x に隣接するエッジのイテレータを返す。
    素の edges_iter は存在しないノードに対してエラーを吐き面倒なので
    このジェネレータ関数で回避する。
    """

    if network.has_node(x):
        for t in network.edges_iter(x):
            yield t
    else:

Shinpeim

Better Java としての Scala

Hello World

• src/main/scala/Main.scala

object Main {
  def main(args: Array[String]): Unit = {
    println("hello scala!")

wakuteka

# パッケージのインストール
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings")

# パッケージのロード
library(Biostrings)

# 読み込むmultifastaファイルの指定(ここでは組み込みのデータを使用)
# 例: inFileName <- "sample.fasta"

soh-i

Area of r1 is: 24.000000
Area of r2 is: 2079.000000
Area of c1 is: 1134.114948
Area of c2 is: 1385.442360

inutano

DDBJパイプラインとGalaxyによるデータ解析

情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
大田達郎 [email protected]

prepared for AJACS岩手
December 5, 2014

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zachcp

@HD     VN:1.2  GO:query
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
ref|NP_001009242.1|     0       sp|P08100|OPSD_HUMAN    1       255     348M    *       0       0       *       *       AS:i:1808       EV:f:0  NM:i:0  PI:f:96.55      BS:f:701.049
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