suimye

#!/bin/sh


FL=`ls`

for files in $FL;
do
        if [[ "$files" =~ ".bw" ]];then
                newfile1=$(echo $files | sed 's/[\,|\ |\:|\(|\)|\^]/\./g;')
                newfile2=$(echo $newfile1 | sed 's/\.\./\./g;')

suimye

#!/bin/sh
if ! type "efetch" > /dev/null; then
  print "Please install E-utilitie."
fi

GSM_LIST=$1
GSMs=`cat $GSM_LIST|cut -f1`
#echo $SRRs 
! type "foo" > /dev/null 2>&1;
for GSM in $GSMs; do

suimye

rl <- readLines(con="./c3.all.v5.0.symbols.gmt.txt")　#readlineによる行データの読み込み
gs_list <- list()　　#list準備　

for(i in 1:length(rl)){
    dl <- unlist(strsplit(rl[i], "\t"))　#strsplitでdelimitorとして\tで分割
    gs_list[[dl[1]]] <- dl[3:length(rl)]　#dl[1]とdl[2]には、motif名、urlなどの情報があるので除いておく
}

#1番のリストから遺伝子名を取り出す。

suimye

#!/bin/sh


echo "This program compress bed files to zip files in the folder"
echo "last update 2012.3.11 ........................................."


#Retrive filenames
Files=`ls`
m2=0