草稿。あとで書く
Markdown は(リッチテキストに比べると)表現が貧弱だとよく言われれる。自分もそこは同意する。 しかし、それがデメリットではない。Markdown の貧弱さは、意思伝達上の明確なメリットであると考える。Markdown の枠組みの中でテキストを組み立てることが、書き手・読み手に低負荷なまま意思伝達を可能にする。
markdown は元々はメール文面の慣習的なテキスト装飾が元になって発展した記法だ。プレーンテキストでも読める、という点に最も大きな価値があり、プログラミングエディタによる装飾や、GitHub上で閲覧するときの HTML 変換は補助ツールでしかない。
| library(rmzTabM) ## https://lifs-tools.github.io/rmzTab-m/ | |
| library(metabolighteR) ## https://aberhrml.github.io/metabolighteR/ | |
| convertMzTab2MAF <- function(mzTabfile, MAFfile) { | |
| mzTabTable <- readMzTab(mzTabfile) | |
| ## To turn these tables into objects, use the R6 class constructor method `new()`: | |
| mzTabObject <- MzTab$new()$fromDataFrame(mzTabTable) | |
| metadata <- mzTabObject$metadata |
| @Grab(group='org.openscience.cdk', module='cdk-bundle', version='2.5') | |
| // Copyright (C) 2021 Egon Willighagen <[email protected]> | |
| // | |
| // MIT license | |
| // | |
| // If you use this script, please cite the CDK 2.0 article: | |
| // https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-017-0220-4 | |
| import org.openscience.cdk.interfaces.*; |
| # COLUMNS: For entries "all-nodes and color": obj_type all-nodes obj_subtype color | |
| # COLUMNS: For entries "all-nodes and bordercolor": obj_type all-nodes obj_subtype color | |
| # COLUMNS: For entries "node and color": obj_type node_label obj_subtype color | |
| # COLUMNS: For entries "node and rppasite": obj_type node_label obj_subtype subtype_info|subtype_label|subtype_bkgrd_color|subtype_border_color | |
| # COLUMNS: For entries "node and tooltip": obj_type node_label obj_subtype tooltip_information_onmousehover | |
| # NOTE: "subtype_info" is also tooltip information for onmousehover for individual rppasite | |
| node all-nodes color 255 255 255 | |
| node all-nodes bordercolor 50 50 50 | |
| node FOXA1 color 40 80 255 | |
| node FOXA1 tooltip FOXA1, -24.349700502698532 |
この記事はWorkflow Advent Calendar 2020の二日目の記事です。
自分は最近Snakemakeでワークフローを書いている。それまではシェルスクリプト → make → Rakeという風に、色々なやり方でワークフローを書いてきてたが、環境構築・再現性や分散処理の対応がしやすいSnakemakeに現在のところは落ち着いている。Snakemakeでコードの再現性に関わる技術はAnacondaとDocker（Singularity）である。ここでは、両方の技術は一長一短であり、両技術共に痒いところに手が届かない状況があるという話しをする。なお、自分はデータ解析を生業としており、データを前処理、解析、可視化しては、使うパッケージを適宜加えたり、減らしたりする探索的データ解析（EDA）の過程でSnakemakeを使っているため、事前に処理が決まっていて、あとはワークフロー化するだけの人とは状況がかなり違っている可能性があるので注意されたし。
Snakemake内でのAnacondaの使い方は簡単で、Snakemakeを実行する上で必要なSnakefileの中で、実行するruleにcondaタグを追加する。condaタグの中では、conda環境を構築する上で必要な共有ライブラリやらR,Pythonのパッケージやらを記述する。 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/deployment.html#integrated-package-management
あとは、snakemakeコマンドを実行する際に、--use-condaオプションを加えるだけで良い。
| #CODE | |
| #Generate root password | |
| import random, string | |
| password = ''.join(random.choice(string.ascii_letters + string.digits) for i in range(20)) | |
| #Download ngrok | |
| ! wget -q -c -nc https://bin.equinox.io/c/4VmDzA7iaHb/ngrok-stable-linux-amd64.zip | |
| ! unzip -qq -n ngrok-stable-linux-amd64.zip | |
| #Setup sshd |
| /home/tatsuya% docker run -it ubuntu:trusty | |
| root@1ce8acf4991d:/# cd | |
| root@1ce8acf4991d:~# uname -a | |
| Linux 1ce8acf4991d 4.11.9-1-ARCH #1 SMP PREEMPT Wed Jul 5 18:23:08 CEST 2017 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux | |
| root@1ce8acf4991d:~# cat /etc/lsb-release | |
| DISTRIB_ID=Ubuntu | |
| DISTRIB_RELEASE=14.04 | |
| DISTRIB_CODENAME=trusty | |
| DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 14.04.5 LTS" |