kozo2

Exercise2: scTensorのデモ

このノートブックでは、1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞間相互作用（CCI）を検出するためのR/Bioconductorパッケージ、scTensorの使い方について説明します

まずは、このノートブックの実行に必要なパッケージのインストールとロードを行います

kozo2

Exercise2: scTensorのデモ

このノートブックでは、1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞間相互作用（CCI）を検出するためのR/Bioconductorパッケージ、scTensorの使い方について説明します

まずは、このノートブックの実行に必要なパッケージのインストールとロードを行います

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title: "Exercise1: Rの基本操作"
output: html_notebook
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このノートブックでは、Rの基本的な使い方について説明します

## データ型
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kozo2

Exercise1: Rの基本操作

このノートブックでは、Rの基本的な使い方について説明します

データ型

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kozo2

The goal

Automating the Rmd code chunk testing

How to use this

• Check if there is an error in the git repo HEAD Rmds with the CircleCI badge etc.

• The CircleCI runs all Rmds in https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/tree/master/for-scripters/R/notebooks and generate the report as HTML.

• You can check the result HTML in the CircleCI ARTIFACTS tab.

• We need to replace

kozo2

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title: "Exercise2: scTensorのデモ"
output: html_notebook
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<p><img alt="logo" width="200" src="https://dl.dropboxusercontent.com/s/nm3k2p6i3k6d6gl/sctensor.png" align="left" /></p>

<h1>Exercise2: scTensorのデモ</h1>

kozo2

** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path

kozo2

** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (SingleCellExperiment)
* installing *source* package ‘LRBase.Hsa.eg.db’ ...
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices

kozo2

FROM bioconductor/release_core2
MAINTAINER Kozo Nishida ([email protected])

RUN R -e "BiocManager::install("RCy3")"
RUN apt-get update && apt-get install -y emacs java-common
RUN wget https://d3pxv6yz143wms.cloudfront.net/8.232.09.1/java-1.8.0-amazon-corretto-jdk_8.232.09-1_amd64.deb
RUN wget https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/download/3.7.2/cytoscape-3.7.2.tar.gz
RUN dpkg -i java-1.8.0-amazon-corretto-jdk_8.232.09-1_amd64.deb
RUN tar xf cytoscape-3.7.2.tar.gz && rm java-1.8.0-amazon-corretto-jdk_8.232.09-1_amd64.deb cytoscape-3.7.2.tar.gz

kozo2

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title: "Functional Enrichment Analysis"
author: "Kozo Nishida, Kristina Hanspers and Alex Pico"
date: "`r Sys.Date()`"
output:
  BiocStyle::html_document:
    toc: true
    toc_depth: 4
    df_print: paged
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