Kozo Nishida kozo2

Exercise3: scTGIFのデモ

このノートブックでは、細胞型が不明な1細胞RNA-Seqデータに、関連するマーカー遺伝子や機能タームを割り当てることで、細胞型判定をサポートするためのR/Bioconductorパッケージ、scTGIFの使い方について説明します

まずは、このノートブックの実行に必要なパッケージのインストールとロードを行います

このノートブックでは、1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞間相互作用（CCI）を検出するためのR/Bioconductorパッケージ、scTensorの使い方について説明します

まずは、このノートブックの実行に必要なパッケージのインストールとロードを行います

このノートブックでは、1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞間相互作用（CCI）を検出するためのR/Bioconductorパッケージ、scTensorの使い方について説明します

まずは、このノートブックの実行に必要なパッケージのインストールとロードを行います

このノートブックでは、Rの基本的な使い方について説明します

Automating the Rmd code chunk testing

Check if there is an error in the git repo HEAD Rmds with the CircleCI badge etc.
The CircleCI runs all Rmds in https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/tree/master/for-scripters/R/notebooks and generate the report as HTML.
You can check the result HTML in the CircleCI ARTIFACTS tab.
We need to replace

	# WikiPathways

	[WikiPathways](https://www.wikipathways.org/) is a collaborative wiki platform with manually pathway models.
	It currently covers over 2,600 pathways in 25 species-specific collections.

	- To search WikiPathways, load [rWikiPathways](https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/rWikiPathways.html) and call the `findPathwayByText` function with your search terms (here we use 'statin' as the term)

	```{r}
	library(rWikiPathways)
	statin.pathways <- findPathwaysByText('statin')

	---
	title: "R Notebook"
	output: html_notebook
	---

	<p><img alt="logo" width="200" src="https://dl.dropboxusercontent.com/s/nm3k2p6i3k6d6gl/sctensor.png" align="left" /></p>

	<h1>Exercise2: scTensorのデモ</h1>

	---
	title: "Exercise1: Rの基本操作"
	output: html_notebook
	---

	このノートブックでは、Rの基本的な使い方について説明します

	## データ型
	---

	---
	title: "Exercise2: scTensorのデモ"
	output: html_notebook
	---

	<p><img alt="logo" width="200" src="https://dl.dropboxusercontent.com/s/nm3k2p6i3k6d6gl/sctensor.png" align="left" /></p>

	<h1>Exercise2: scTensorのデモ</h1>

	** inst
	** byte-compile and prepare package for lazy loading
	** help
	*** installing help indices
	** building package indices
	** installing vignettes
	** testing if installed package can be loaded from temporary location
	** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
	** testing if installed package can be loaded from final location
	** testing if installed package keeps a record of temporary installation path